Dreidimensionalität erreichen die Installationen von Habegger durch versetzte Glasplatten verschiedener Größe. Mit ornamentaler oder serieller Malerei, mit Punkten, konzentrischen Kreisen, Strichen und Gittern erreicht die Künstlerin eine zusätzliche Tiefe. Raum entsteht auch durch Beleuchtung von vorne, wodurch die bemalten Teile ein Schatten- spiel auf den dahinter liegenden Ebenen erzeugen. Die monochromen Platten in der hintersten Ebene bringen das Spiel der vorwiegend warmen Farben noch stärker zur Geltung.
Isabelle Habegger arbeitet nicht nur allein in ihrem Atelier, sondern performt mit Künstlern anderer Sparten, vor allem Musikern und Musikerinnen. Gesang und Instrumentales inspirieren sie, wobei wieder verschiedene Stimmungen in ihre Malerei einfließen.